Trường THPT Nguyễn Trường Tộ được thành lập ngày 24/4/1991 theo Quyết định số 179/QĐ-UB của UBND Tỉnh Thừa Thiên Huế nhằm đa dạng các loại hình trường lớp trong ngành giáo dục, đồng thời đáp ứng nhu cầu học tập ngày càng nhiều của học sinh thành phố Huế. Ngày mới thành lập trường chỉ có hai cán bộ biên chế: Hiệu trưởng và kế toán của trường, đội ngũ giáo viên giảng dạy đều phải hợp đồng từ các trường khác trong tỉnh. Cơ sở vật chất vô cùng hạn hẹp chỉ gồm một dãy nhà 3 tầng nằm trong khuôn viên trường JEANNE D’ARC cũ, chung cơ ngơi với trường tiểu học Lê Quý Đôn, trung tâm y tế học đường và trung tâm tin học Sở GD&ĐT.
Do đặc thù là trường ngoài công lập từ khi thành lập năm 1991 cho đến đầu năm học 2010-2011 bên cạnh một số CBGV biên chế, giáo viên cơ hữu, phần lớn giáo viên giảng dạy đều được hợp đồng thỉnh giảng từ các trường ĐH, CĐ, THPT trên địa bàn toàn tỉnh; Năm học 2009-2010 có 137 CBGV trong đó CBGV biên chế là 33 người, còn lại là CBGV cơ hữu và thỉnh giảng; năm học 2010-2011 có 102 CBGV trong đó CBGV biên chế là 77 người. Đội ngũ CBGV có năng lực chuyên môn vững vàng, giàu kinh nghiệm trong giảng dạy và luôn tâm huyết, nhiệt tình với học sinh. Nhiều thầy, cô giáo luôn trăn trở, tìm tòi các phương pháp hay, cách dạy tốt để truyền thụ kiến thức cho học sinh, luôn để lại sự kính trọng về kiến thức và nhân cách cho các thế hệ học sinh trong trường. Hàng năm trường đều tổ chức các Hội thảo chuyên môn, Hội thảo về công tác chủ nhiệm, qua đó giáo viên có điều kiện nâng cao trình độ chuyên môn, nghiệp vụ.
Trong thời gian qua, trường THPT Nguyễn Trường Tộ đã không ngừng phát triển đi lên, khẳng định uy tín và vị thế của trường, là một địa chỉ giáo dục tin cậy của PHHS khi có con, em theo học tại trường. Uy tín đó được tạo ra bằng chất lượng giảng dạy của đội ngũ thầy, cô giáo; bằng chất lượng học tập của các thế hệ học sinh trong trường, được thể hiện qua tỷ lệ học sinh tốt nghiệp THPT luôn đạt kết quả cao, số lượng học sinh đạt giải học sinh giỏi cấp tỉnh ngày càng tăng, nhiều học sinh thi đậu vào các trường ĐH, CĐ (đạt tỷ lệ 50-70%) hàng năm và đặc biệt năm học 2007-2008 em Nguyễn Thanh Tùng là thủ khoa trường ĐH Kinh tế Thành phố Hồ Chí Minh với 29.5đ/30đ đã đem lại niềm vinh dự lớn cho trường… Cùng với phong trào nâng cao chất lượng học tập, giảng dạy; trường cũng đã tổ chức nhiều hoạt động mang tính cộng đồng để góp phần nâng cao ý thức xã hội cho học sinh; những sinh hoạt văn nghệ, hoạt động TDTT, các Hội thi trong trường, hoạt động dã ngoại, cắm trại, vui Xuân, hoạt động nhân đạo, cứu trợ… đã được học sinh toàn trường tham gia, ủng hộ và để lại những ấn tượng sâu sắc trong cuộc đời của mỗi thế hệ học sinh. Nhiều học sinh của trường đã trở thành những công dân tốt, có ích, đóng góp phần mình vào sự phát triển của quê hương, đất nước.
Ngày 05/8/2010 UBND Tỉnh Thừa Thiên Huế có quyết định số 1424/QĐ-UBND chuyển đổi trường THPT Nguyễn Trường Tộ từ loại hình trường THPT bán công sang trường THPT công lập và ngày 18/3/2011 UBND Tỉnh Thừa Thiên Huế có quyết định số 622/QĐ-UBND thu hồi các cơ sở nhà, đất trong khu vực nằm giữa hai trục đường Trần Cao Vân, Nguyễn Tri Phương để giao cho trường THPT Nguyễn Trường Tộ và tiểu học Lê Lợi quản lý, sử dụng từ năm học 2011 – 2012. Đây là niềm vui to lớn của thầy, trò và PHHS trường THPT Nguyễn Trường Tộ. Từ năm học này trường có thêm nhiều điều kiện và thời cơ để phấn đấu trở thành trường THPT công lập có chất lượng tốt của ngành GD&ĐT. Trường THPT BC Nguyễn Trường Tộ đã hoàn thành sứ mệnh lịch sử trong giai đoạn lịch sử, Trường THPT công lập Nguyễn Trường Tộ nối tiếp truyền thống để vững bước đi lên với những thời cơ, vận hội mới.
Để ghi nhận những đóng góp của trường vào thành tích chung của ngành GD&ĐT, nhiều năm liền trường được công nhận danh hiệu “Tập thể LĐXS” cấp tỉnh, được UBND Tỉnh, Bộ GD&ĐT tặng Bằng khen; Chi bộ liên tục đạt danh hiệu “Chi bộ trong sạch, vững mạnh”, Công đoàn trường, Đoàn TNCS Hồ Chí Minh, Hội chử thập đỏ luôn đạt thành tích cao và nhận được nhiều Bằng khen, Giấy khen của các cấp.
